El siglo XIX se inició con la Guerra de la Independencia, en la cual los acontecimientos del 2 de mayo de 1808 en Móstoles han sido exaltados y mitificados por la historiografía antigua y el acervo popular, atribuyéndose los méritos derivados de dicho acontecimiento a un solo hombre (Andrés Torrejón) aún cuando fue de varios (Simón Hernández, Juan Pérez Villamil, Esteban Fernández de León, Manuel de Valle, Pedro Serrano...) y en realidad no fue tan glorioso, pues la gesta del levantamiento fue en Madrid y la declaración formal de guerra a Napoleón la decretó la Junta Suprema Central de Sevilla en junio de 1808. La actuación de los alcaldes de Móstoles se limitó a firmar un bando redactado por Villamil, destinado a avisar a los pueblos de su entorno y los del la carretera de Extremadura para que acudiesen a socorrer al pueblo de Madrid en un momento determinado. No se trataba de un acto improvisado de la nada, si no de parte de un plan más o menos premeditado, por parte de numerosos aristócratas que no querían ver sentado en el trono español a José Bonaparte.

La Guerra de la Independencia (1808-1814) dejó el pueblo exhausto, demográfica y económicamente, debido a la paralización de la economía y a las exageradas contribuciones que el pueblo mostoleño tuvo que aportar para la misma, además de otras aportaciones extras (víveres, paja, cebada, bagajes y transporte) a las tropas que pasaban en el pueblo, que además de vez en cuando causaban altercados y destrozos.

La recuperación posterior fue lenta, pero se vio de nuevo truncada por la Primera Guerra Carlista (1833-1839). Aunque este conflicto bélico no tuvo las fatales consecuencias del anterior, sí supuso la manifestación de la fractura del vecindario y de la propia España en general en dos ideologías: la liberal y la conservadora (absolutista), fenómeno ya esbozado por la propia Guerra de la Independencia.

Entretanto Móstoles siguió gobernando la misma élite burguesa de épocas pasadas, aunque ahora en teoría era el pueblo quien las elegía, pero el limitado censo electoral y las limitadas alternativas (presionado el proletariado local por los terratenientes) hizo que las cosas en la elección y funcionamiento de los ayuntamientos no cambiasen mucho.

A mediados del siglo XIX Móstoles ya había perdido muchas características que le habían engrandecido en el pasado: su importancia geográfica se redujo a la carretera de Extremadura (lo que motivó el descenso de la actividad hostelera), el renombre de sus vinos y aceites se fue perdiendo, sus muchas ermitas fueron abandonadas...

A pesar de esto, y si la primera mitad del siglo había sido trágica, la segunda mitad fue lo contrario, ya que se inició un proceso de políticas de mejora del pueblo (higiene, urbanismo, educación…): construcción de la Fuente de los Peces con un lavadero público, construcción de un nuevo edificio de Escuelas Municipales, instalación en algunos puntos de alumbrado público por petróleo, limpieza y arreglo de las calles y caminos, reparaciones en edificios municipales…

Con motivo de la inauguración de dichas Escuelas, en 1883 el rey Alfonso XII concedió por Real Decreto a Móstoles el título de Villa Ilustrísima, en reconocimiento de la gran labor del ayuntamiento destinada a potenciar la educación infantil y la cultura.

La Desamortización General de 1855, iniciada por el ministro Pascual Madoz, trajo consecuencias negativas para Móstoles: el Ayuntamiento perdió importantes fuentes de ingresos al tener que subastar casi todas sus posesiones (fincas rústicas y solares), y además comenzó un proceso de concentración de terrenos en manos de una nueva burguesía, que monopolizó aún más si cabe, la propiedad de las tierras, esclavizando a los campesinos con abusivos contratos de arrendamiento y con tener que trabajar como jornaleros y braceros. Esto venía fraguándose ya desde la anterior desamortización de Mendizábal (1836).

En 1891 fue inaugurada la línea ferroviaria Madrid-Almorox, con una estación en Móstoles y el apeadero de Villaviciosa. Este innovador medio de transporte trajo grandes beneficios a las localidades por las que pasaba y a las cercanas.